Η οικονομική του επιφάνεια και η φήμη που τον συνόδευε ως ευσεβή και γενναίο άνδρα, ανέδειξαν κι ενίσχυσαν το ηγετικό του ανάστημα. Το 1988 σχημάτισε ένα δίκτυο μαχητών με την ονομασία Αλ Κάιντα (Η Βάση), που για πολλά χρόνια παρέμεινε χωρίς σαφείς στόχους ή επιχειρησιακό πρόγραμμα. Το 1989, μετά την αποχώρηση των Σοβιετικών από το Αφγανιστάν, ο μπιν Λάντεν επέστρεψε στη Σαουδική Αραβία, όπου αρχικά έγινε δεκτός ως ήρωας, αλλά σύντομα οι αρχές τον στοχοποίησαν ως πιθανή απειλή για τη χώρα.
Η ίδρυση της Αλ Κάιντα
Το 1990, η κυβέρνηση απέρριψε το αίτημά του να χρησιμοποιήσει την Αλ Κάιντα κατά του ηγέτη του Ιράκ Σαντάμ Χουσεΐν, ο οποίος απειλούσε με εισβολή στη Σαουδική Αραβία. Ο μπιν Λάντεν εξοργίστηκε όταν η πατρίδα του στηρίχθηκε στα αμερικανικά στρατεύματα για την προστασία της κατά τη διάρκεια του πολέμου στον Περσικό Κόλπο (1991). Η ρήξη του με την κυβέρνηση της χώρας του τον ανάγκασε να εγκατασταθεί στο Σουδάν.
Στις αρχές της δεκαετίας του 1990 ο μπιν Λάντεν άρχισε να διαμορφώνει ένα πρόγραμμα βίαιου αγώνα κατά της κυριαρχίας των ΗΠΑ, όπως πίστευε, στον μουσουλμανικό κόσμο. Επαίνεσε δημόσια τις επιθέσεις άλλων τρομοκρατικών οργανώσεων κατά των Αμερικανών, συμπεριλαμβανομένης της βομβιστικής επίθεσης της 26 Φεβρουαρίου 1993 στο Παγκόσμιο Κέντρο Εμπορίου στη Νέα Υόρκη.
Το 1994 επέκτεινε τις υποδομές της Αλ Κάιντα στο Σουδάν, ώστε να εκπαιδεύει ισλαμιστές μαχητές για επιχειρήσεις σε όλο τον κόσμο. Η Σαουδική Αραβία μόλις πληροφορήθηκε τη δράση του, τού αφαίρεσε την υπηκοότητα και πάγωσε τα περιουσιακά του στοιχεία, αναγκάζοντάς τον να βασίζεται σε εξωτερικές πηγές χρηματοδότησης.
Ανώτατο όργανο διοίκησης και ελέγχου της Οργάνωσης είναι το “Μαζίλς αλ Σούρα” το οποίο επέχει θέση Διοικητικού Συμβουλίου, το οποίο εξετάζει και εγκρίνει τις όποιες κατευθύνσεις και δραστηριότητες της Οργάνωσης. Το έργο αυτού συνδράμουν διάφορες επιτροπές που μελετούν και οργανώνουν διάφορα επιμέρους θέματα όπως είναι η “στρατιωτική επιτροπή”, επί θεμάτων επιχειρήσεων, η “οικονομική επιτροπή”, επί οικονομικών, η “θρησκευτική επιτροπή” για την έκδοση “φετβά” (= θρησκευτικών εντολών, προσκλήσεων), καθώς επίσης και “επιτροπή ενημέρωσης”, επί δημοσίων σχέσεων και ανακοινώσεων.
Από τις πλέον γνωστότερες τρομοκρατικές επιθέσεις της οργάνωσης, είναι οι Επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου 2001 στις Ηνωμένες Πολιτείες, οι Επιθέσεις της 11ης Μαρτίου 2004 στη Μαδρίτη και οι Επιθέσεις της 7ης Ιουλίου 2005 στο Λονδίνο. Τον Αύγουστο του 2006 απετράπη την τελευταία στιγμή τρομοκρατική επίθεση παρόμοια της 11ης Σεπτεμβρίου, καθώς τρομοκράτες ετοιμάζονταν να επιβιβαστούν σε αεροπλάνα που θα απογειώνονταν από τη Μεγάλη Βρετανία με προορισμό τις Ηνωμένες Πολιτείες, με σκοπό να τα ανατινάξουν εν πτήσει αλλά και να τα συντρίψουν σε κτίρια στις Ηνωμένες Πολιτείες.